Die pädagogische Konzeption der Schule, der ” Marchtaler Plan“, greift Impulse der Reformpädagogik auf, insbesondere solche von Maria Montessori. Zentrale Ziele sind:

• ganzheitliche Erziehung und Bildung
• Förderung der Selbständigkeit und Selbsttätigkeit
• Anregung zu Kreativität und Spontanität

Diese pädagogische Konzeption prägt das gesamte schulische Leben der Franz-von-Assisi-Schule und wird von Schülern, Lehrern und Eltern gemeinsam getragen und verwirklicht. Dies wird möglich nicht zuletzt auf Grund der Voraussetzungen der Schule:

• Alle Schülerinnen und Schüler haben denselben weltanschaulich-religiösen Hintergrund.
• Alle Eltern verbindet das gemeinsame Interesse an derselben pädagogischen Zielsetzung.
• Alle Lehrkräfte haben sich aus eigenem Antrieb und freiwillig für diese Zielsetzung entschieden und identifizieren sich mit ihr.

 
Ihr Charakter als Bekenntnisschule und die damit verbundenen, rechtlich abgesicherten pädagogischen Freiräume schaffen der Franz-von-Assisi-Schule geeignete Möglichkeiten zur Erfüllung ihres erzieherischen Auftrags: das Kind in die Mitte zu stellen, seine personale Würde ernst zu nehmen und alles zu tun, was seinem Wohl und Heil förderlich ist.
 

Als wesentliches Merkmal der Franz-von-Assisi-Schule wurde bereits ihre pädagogische Konzeption genannt. Hier ist nun zu unterscheiden zwischen einem umfassenden Erziehungs- und Bildungsplan der Schule, der die Perspektive der gesamten pädagogischen Arbeit bestimmt – von der Organisation des Unterrichts angefangen bis hin zur Ausgestaltung des Schullebens – und dem eigentlichen Lehrplan, der die Inhalte des Unterrichts vorgibt.
 

• Die Inhalte der staatlichen Lehrpläne für die Grundschulen in Bayern werden auch in der Franz-von-Assisi-Schule voll eingebracht. Nur so ist sichergestellt, dass ein Kind ohne Nachteile die Schule wechseln oder z.B. zum Gymnasium oder zur Realschule übertreten kann.
• Darüber hinaus wird jedoch versucht, diese Inhalte dem Kind im Sinnhorizont der Offenbarung und des Glaubens der Kirche und den sich daraus ergebenden Wertvorstellungen zu erschließen.